Zatímco ovoce a zelenina s odmrazením má mnoho výhod, pokud jde o udržení textury, chuti a nutriční hodnoty, existují také některé hlavní nevýhody. Počáteční náklady a složitost nezbytného vybavení jsou jednou z hlavních překážek. Stroje na sušení zmrazení vyžadují významnou počáteční investici kvůli jejich vysokým nákladům na zadávání veřejných zakázek a údržby. Energetické požadavky na tyto zařízení mohou navíc zvýšit výrobní náklady a negativně ovlivnit celkovou ziskovost operací sušení zmrazení.
Samotná citlivá povaha procesu sušení zmrazení představuje další potíže. Ovoce a zelenina jsou pečlivě zmrazeny a obsah vody je následně sublimován pod nízkým tlakem. Pro zaručení ráže hotového produktu tento přesný proces vyžaduje pečlivou regulaci tlaku a teploty. Jakýkoli odklon od ideálních okolností může vést ke ztrátě nutričního obsahu, chuti nebo textury. Dokončení postupu může navíc trvat několik hodin, což by mohlo omezit kapacitu výrobních zařízení.
Dalším hlavním problémem v ovoci a zelenině zmrazení sušení je udržení jejich strukturální integrity. Když je voda odstraněna z určitých předmětů produkce, může být zranitelnější vůči poškození nebo strukturálnímu kolapsu. Aby se zajistilo, že produkce může přežít proces sušení zmrazení, aniž by ztratil požadované atributy, je nezbytný přísný výběr a předběžné ošetření. Například za účelem zachování jejich barvy a textury při sušení může být nutné blancherované nebo podání antioxidačního ošetření.
Pokud se postup sušení zmrazení neprovádí ve sterilní atmosféře, existuje také riziko mikrobiologické kontaminace. I když se riziko mikrobiálního růstu výrazně sníží odstraněním vody, znečišťující látky, které byly přítomny na začátku postupu, mohou být stále nebezpečné. Vytváření bezpečných a vynikajících produktů sušených zmrazením tedy vyžaduje udržování čisté a kontrolované atmosféry.
